Особливим видом діяльності, яка регулюється аграрним правом, є виробництво і використання штамів мікроорганізмів. Закон України “Про ветеринарну медицину” визначає штами мікроорганізмів як генетично однорідні популяції мікроорганізмів у межах виду з певними стабільними специфічними морфологічними ознаками і біологічними властивостями. Інакше кажучи, штам — це різновид мікроорганізмів як порода тварин чи сорт рослин. Штами мікроорганізмів використовуються у сільському господарстві для потреб ветеринарної медицини, а також для виробництва окремих продуктів харчування (йогурт, кефір тощо). Аграрне законодавство регулює використання таких штамів і порядок охорони прав на них.
Про охорону прав на штами мікроорганізмів має йтися в контексті законодавства про охорону прав на винаходи й корисні моделі. Річ у тім, що згідно із Законом України від 15 грудня 1993 р. “Про охорону прав на винаходи і корисні моделі” (в редакції Закону від 1 червня 2000 р.) виведення нових штамів мікроорганізмів визнається винахідництвом, а самі нові штами мікроорганізмів — винаходом. Пріоритет, авторство і право власності на штам мікроорганізмів засвідчується патентом або деклараційним патентом. Винахідник штаму сам вирішує, в якому порядку він бажає оформити свої права на штам: у порядку отримання патенту чи деклараційного патенту. Процедура отримання повного патенту більш складна, позаяк передбачає проведення кваліфікаційної експертизи, яка б установила відповідність штаму мікроорганізмів умовам патентоспроможності, але строк його дії — 20 років від дати подання заявки до Державного департаменту інтелектуальної власності Міністерства освіти і науки України1. Одержання деклараційного патенту відбувається у спрощеному порядку: лише за формальною експертизою заявки та експертизою на локальну новизну, але строк його дії — лише 6 років.
Охороні підлягають лише права на штами мікроорганізмів, які є винаходом, тобто якщо штам є новим, невідомим раніше науці і промислово придатним. Особисте немайнове право авторства на штам охороняється безстроково. Отримання автором патенту на штам мікроорганізмів надає йому право на отримання майнової винагороди від використання цього штаму. Автор може заборонити певним особам використання штаму, може укласти договір на це використання, передбачивши певний розмір винагороди.
Правила складання і подання заявки на винахід і заявки на корисну модель, затверджені постановою Кабінету Міністрів України від №. 173. В них зазначаються особливості подання заявки на виведений штам мікроорганізму. Для підтвердження можливості одержання такого штаму застосовується депонування штамів мікроорганізмів у спеціальній колекції — депозитарії. При цьому дата депонування має передувати даті подання заявки на винахід. В Україні діють 3 національні депозитарії, кожен із яких спеціалізується на певних видах штамів мікроорганізмів: непатогенних, патогенних для людини і патогенних для тварин. Процедура депонування штамів мікроорганізмів регулюється Інструкцією про порядок депонування в Україні штамів мікроорганізмів з метою здійснення патентної процедури, затвердженою наказом Держпатенту та Національної академії наук України від 26 червня 1^95 р. № 106/115.
Для депонування штамів мікроорганізмів в Україні створено Національний центр штамів мікроорганізмів. У ньому зберігають виробничі та контрольні штами мікроорганізмів, підтримують біо-технологічні показники, здійснюють контроль за станом їх популяцій, підготовка нових штамів. Положення про Національний центр штамів мікроорганізмів і порядок депонування штамів мікроорганізмів затверджене постановою Кабінету Міністрів України від 7 травня 1998 р. № 637.
На виробництво, зберігання, транспортування, використання чи знищення штамів мікроорганізмів треба мати дозвіл Мінприроди відповідно до Порядку одержання дозволу на виробництво, зберігання, транспортування, використання, захоронения, знищення та утилізацію отруйних речовин, у тому числі токсичних промислових відходів, продуктів біотехнології та інших біологічних агентів, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 20 червня 1995 р. № 440. Здійснення операцій зі штамами мікроорганізмів, що використовуються для потреб ветеринарної медицини, регулюється Інструкцією про порядок зберігання, підтримання, відпуску, завезення в Україну і вивезення з неї штамів мікроорганізмів, токсинів і отрут тваринного та рослинного походження, які використовуються для потреб ветеринарної медицини і науки, затвердженою наказом Державного департаменту ветеринарної медицини від 4 грудня 2002 року № 70.